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試験研究費ラボ【基礎編】|先生と一緒に図で学ぶ研究開発税制の控除率・控除上限・別表六(九)

試験研究費ラボ【基礎編】|先生と一緒に図で学ぶ研究開発税制の控除率・控除上限・別表六(九)

無料の学習ツール「試験研究費ラボ」の読み方ガイドです。ラボの制度の推移タブと基礎タブを上から順に、先生と生徒の会話形式で見ていきます。各行の図はラボの図そのものです。重要な節の最後には、ラボで30秒だけ手を動かす小さな実習を置いています。

今日の事例
事例A X社・大企業(単位:千円)
当期の試験研究費100,000
前3年の試験研究費(前期・2期前・3期前)90,000/85,000/80,000
売上金額(当期・前3年とも)1,000,000
調整前法人税額30,000
事業年度の開始日令和8年4月1日〜令和9年3月31日
はじめに

今日の題材 ── 研究開発を増やしているX社

📍 ラボの場所:制度の推移タブ・基礎タブ
ハルカ
先生、研究開発税制の担当になりました。研究開発費の1割くらいが税金から戻ってくる制度、という理解で合っていますか。
先生
大まかにはそうなんだ。ただ「1割」は毎年動くし、法人税額で頭打ちにもなるよ。今日は事例AのX社で考えようか。前3年平均 85,000 に対して、当期は 100,000 まで増やした大企業だよ。
ハルカ
100,000 の1割なら 10,000 ですね。もう計算できました。
先生
事例Aの答えは 9,000 なんだ。どうして 10,000 にならないのかが、今日の中心だよ。表を手元に置いて、ラボの「制度の推移」と「基礎」タブを順に読んでいこうか。
ラボの制度の推移タブ・基礎タブを開きながら読むと分かりやすいですラボで開く ▶
📜 制度の推移 H0 ラボの図
平成27年度H27.4〜平成29年度H29.4〜令和元年度H31.4〜令和3年度R3.4〜令和5年度R5.4〜令和8年度R8.4〜令和9年度〜R9.4〜一般型の控除率総額型 8〜10%6〜14%(±5%境)6〜14%(+8%境)2〜14%(+9.4%境)1〜14%(+12%境)0〜14%(▲30%で0)0〜14%(+3%で8.5%)控除上限(法人税額比)25%25%+0〜10%25%+0〜10%25%+5% (コロナ) +0〜10%25±5% (±4%境) /上乗せ25±5%(±4%境)25±5%(▲1%/+7%境)中小企業技術基盤強化税制12%12〜17%(+5%超)12〜17%(+8%超)12〜17%(+9.4%超)12〜17%(+12%超)12〜17%+3年繰越12〜17%+3年繰越オープンイノベーション型20・30%(別枠5%)20・30%(別枠5%)20・25・30%(別枠10%)20・25・30%(別枠10%)20・25・30%(別枠10%)20・25・30%(別枠10%)20・25・30% +戦略技術 40・50%対象費用・その他中小企業の知財使用料を追加サービス開発を追加ベンチャー特例 基準25→40%クラウド ソフト追加高度研究人材 既存データ デザイン試作除外国外委託70% 国外事業所 除外(R7〜)国外委託 60→50% 戦略技術領域型黄色のセル=前の年度から変わった項目
推移 H0

H0 変遷の全体像 ── 何がいつ変わったか(マトリクス)

📍 ラボの場所:制度の推移タブ H0
ハルカ
前任者の引継ぎメモに「研究開発税制は毎年変わるので注意」と書いてありました。本当に毎年なんですか。
先生
図のマトリクスを見てごらん。平成27年度から令和9年度以降まで、控除率・控除上限・中小・OI型・対象費用の5項目を並べてあるんだ。どの年度も、どこかの行が変わっているよ。
迷いポイント 毎年変わるなら、全部を覚え直すしかない?
ハルカ
毎年ぜんぶ変わるなら、毎年ぜんぶ覚え直しですね…。
先生
変わらない軸もあるんだ。控除上限の25%、中小の12%〜17%、OI型の30%・25%・20%は、ずっと同じだよ。動き続けているのは一般型の控除率カーブで、方向はいつも「試験研究費を増やした会社ほど率が上がる」形なんだ。
💡 そうだったのか!
変わり続けているのは一般型の控除率カーブ。上限の軸25%、中小の12〜17%、OI型の30/25/20%は変わっていません。
📗 基礎 ① ラボの図
一般型・試験研究費の全体額が対象・控除率 0〜14%(増減で変動)・上限 法人税額の25%(20〜35%)・別表六(九)中小企業技術基盤強化税制・中小企業者等は一般型と選択・控除率 12〜17%・上限 25%(最大35%)・3年繰越・別表六(十)オープンイノベーション型・大学・スタートアップ等との共同・委託研究・控除率 20・25・30%・上限 法人税額の10%(別枠)・別表六(十二)戦略技術領域型(R9〜)・AI・量子・半導体等の認定計画・控除率 40%・50%・上限 10%(別枠)+3年繰越・別表は未公表選択適用(どちらか一方)+別枠で上乗せ+別枠(R9〜)
基礎 ①

研究開発税制とは ── 3つの型と全体像

📍 ラボの場所:基礎タブ ①
ハルカ
研究開発税制には、いくつも型があるんですよね。どれを使えばいいんですか。
先生
図のとおり、柱は3つなんだ。一般型と、中小企業者等が選べる中小企業技術基盤強化税制は、どちらか一方を選ぶよ。大学や企業との共同研究に使うオープンイノベーション型(OI型)は、別枠で上乗せできるんだ。
迷いポイント 研究開発税制は、所得から引く制度?
ハルカ
試験研究費を損金に足して、所得を減らす制度ですよね。
先生
それが、そうではないのだよ。試験研究費は普通に損金になったうえで、さらに一定割合を法人税額から直接引くんだ。だから「税額控除」と呼ぶよ。
ハルカ
「オープンイノベーション型」って、名前だけで研究がもう半分終わった気がします。
先生
名前で控除額は増えないよ。契約書や相手方の確認がそろって初めて使える型なんだ。
💡 そうだったのか!
研究開発税制は法人税額から直接引く税額控除。一般型と中小は選択、OI型は別枠で上乗せです。
📗 基礎 ② ラボの図
① 税額控除限度額(控除対象試験研究費の額 × 税額控除割合)13,600 千円② 控除上限(調整前法人税額 × 上限割合)9,000 千円控除できる額 = ①と②の小さい方 = 9,000 千円(上限が効いている)
基礎 ②

税額控除の算式 ── 限度額と上限の小さい方

📍 ラボの場所:基礎タブ ②
ハルカ
さっきの 10,000 と 9,000 の差は、どこで生まれるんですか。
先生
図の2本の棒を比べてごらん。1本目は試験研究費 100,000 × 控除率 13.6% = 13,600。これが税額控除限度額だよ。2本目は調整前法人税額 30,000 × 30% = 9,000。これが控除上限なんだ。控除できるのは小さい方の 9,000 だよ。
ハルカ
これ、前にやった外国税額控除の「器」と同じ考え方ですか? 器より多くは引けない、という。
先生
そう、ちゃんと覚えていたね。法人税額で決まる上限に収まる分だけ引ける点は同じなんだ。ただ、外国税額控除のようにあふれた分を3年繰り越せるのは、研究開発税制では中小企業技術基盤強化税制(と令和9年度からの戦略技術領域型)だけで、一般型は切り捨てになるよ。
迷いポイント 試験研究費を増やせば、控除額は必ず増える?
ハルカ
じゃあ、試験研究費をもっと増やせば、控除ももっと増えますよね。
先生
事例Aは上限の 9,000 で止まっているから、試験研究費を増やしても控除額は増えないんだ。法人税額が大きい年なら、限度額の 13,600 まで届くよ。
💡 そうだったのか!
控除額は「試験研究費×控除率」と「法人税額×上限割合」の小さい方。事例Aは上限の 9,000 で頭打ちです。
⏱ 30秒だけラボで試す
  1. リンクからシミュレーションを開く(事例Aが入っています)
  2. 「調整前法人税額」を 30,000 → 100,000 に変える

👀 控除上限は 9,000 → 30,000 に広がり、控除額は限度額の 13,600 まで増えます。今度は限度額の方が小さい方になります。

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📗 基礎 ③ ラボの図
試験研究費の額 = 損金算入される次の費用(研究開発費として損金経理し資産計上した額を含む)原材料費試験研究のために費消人件費専門的知識をもって専ら従事する者経費外注費・光熱費・減価償却費等委託試験研究費他の者に委託(国外は段階的縮小)組合賦課金技術研究組合の賦課金
基礎 ③

試験研究費の額の範囲 ── 5つの費目と「損金算入」

📍 ラボの場所:基礎タブ ③
ハルカ
試験研究費の 100,000 は、会計の研究開発費の金額をそのまま使えばいいですか。
先生
図のとおり、試験研究費の額は5つの費目で決まるんだ。原材料費・人件費・経費・委託試験研究費・技術研究組合の賦課金で、しかも損金に算入されたものだけだよ。
迷いポイント 会計の「研究開発費」の残高=試験研究費の額?
ハルカ
研究開発費の勘定の残高をそのまま別表の1欄に書けば、5分で終わりますよね。
先生
そこが実務家でも間違いやすいところなんだ。人件費は「専ら従事する者」に限られるし、研究専用の設備は取得価額ではなく減価償却費だけが入る。会計の残高から、税法の要件で集計し直すんだよ。
ハルカ
正直に言うと、5分どころか、3分で終わらせるつもりでした。
先生
その2分の差が、税務調査で一番聞かれるところだよ。集計の手順は「会計との違い」タブにまとめてあるんだ。
💡 そうだったのか!
試験研究費の額は税法の5つの費目と要件で再集計した金額。会計の研究開発費の残高とは一致しないのが普通です。
📗 基礎 ④ ラボの図
自然科学に関する活動か?いいえ→対象外:人文・社会科学、デザイン考案、販売技術、事務手順の変更新たな知見/知見の新たな応用か?いいえ→対象外:単なる模倣、量産化の試作、品質管理、製品検査費用は損金算入され、5費目に当たるか?いいえ→対象外:資産計上で未償却の額、専ら従事しない者の人件費など✔ 試験研究費の額に含める→ 製品・技術だけでなく「対価を得て提供する新たな役務(サービス開発)」も対象
基礎 ④

「試験研究」に当たるか ── 新たな知見・自然科学・含まれないもの

📍 ラボの場所:基礎タブ ④
ハルカ
「試験研究」って、白衣を着て実験しているイメージです。工場の改良も入るんですか。
先生
入るんだ。図のとおり、新たな知見を得る活動だけでなく、今ある知見を新しく応用する活動も試験研究になる。現に生産中の製品の製造方法の改良も含まれるよ。ただし自然科学に係るものに限られるんだ。
迷いポイント 新製品でなければ、試験研究にならない?
ハルカ
既存製品の改良なら、量産のための試作も入りますよね。
先生
量産方法が技術的に確立した製品の量産試作は、通達で含まれない例に挙がっているんだ。品質管理、製品検査、性能向上を目的としないデザインの設計・試作も同じだよ。技術的な不確実性があるかどうかで線を引くんだ。
💡 そうだったのか!
試験研究は自然科学に係る創造的・体系的な活動。既存製品の改良も入りますが、量産試作・品質管理・デザインなどは除かれます。
📗 基礎 ⑤ ラボの図
3期前80,0002期前85,000前期90,000当期100,000比較試験研究費=前3年平均 85,000増減試験研究費割合=(100,000−85,000)÷85,000= 17.6%
基礎 ⑤

増減試験研究費割合 ── 前3年平均との比較

📍 ラボの場所:基礎タブ ⑤
ハルカ
控除率の 13.6% は、どこから出てくるんですか。
先生
出発点は「前3年の平均と比べて、どれだけ増やしたか」なんだ。図のとおり、前3年は 80,000・85,000・90,000 で、平均の 85,000 が比較試験研究費。当期の 100,000 は 15,000 多いから、増減試験研究費割合は 15,000 ÷ 85,000 = 17.6% だよ。
迷いポイント 比べる相手は前期の試験研究費?
ハルカ
前期の 90,000 と比べて 11.1% 増、ではないんですか。
先生
比べるのは前3年の平均だよ。前期だけと比べると、1年だけ増やして翌年に戻す会社が得をしてしまうからなんだ。もう一つ、売上に対する試験研究費の割合(試験研究費割合)も出す。事例Aは 100,000 ÷ 1,000,000 = 10.0% で、10%を超えたときだけ割増が付くんだ。
💡 そうだったのか!
控除率は前3年平均との増減割合で決まります。事例Aは 85,000 に対して+17.6%、試験研究費割合は 10.0%(割増なし)です。
⏱ 30秒だけラボで試す
  1. シミュレーションを開く(事例Aが入っています)
  2. 「試験研究費の額(合計)」を 100,000 → 85,000 に変える(前3年平均と同じ額)

👀 増減割合は 0%、控除率は 13.6% → 8.5%、控除上限は 30% → 25% になり、控除額は限度額の 7,225 です。

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📗 基礎 ⑥ ラボの図
0.0%3.0%6.0%8.5%10.0%11.5%14.0%17.0%-30%-20%-10%0%+3%+12%+15%+20%+30%増減試験研究費割合(当期の試験研究費が前3年平均からどれだけ増減したか)税額控除割合一般型:令和8年度(R8.4.1〜R9.3.31開始)一般型:令和9年度以降(R9.4.1〜開始)中小企業技術基盤強化税制(12〜17%)
基礎 ⑥

控除率のカーブ ── 令和8年度・令和9年度以降・中小

📍 ラボの場所:基礎タブ ⑥
ハルカ
カーブが3本ありますね。事例Aはどれを使うんですか。
先生
事業年度の開始日で決まるんだ。事例Aは令和8年4月1日〜令和9年3月31日に開始する年度だから、令和8年度のカーブだよ。増減なしで 8.5%、+12%で 11.5%、そこから傾き 0.375 で上がる。17.6% なら 11.5% + 5.6% × 0.375 で 13.6% なんだ。
迷いポイント 令和9年度以降も、増減なしなら8.5%?
ハルカ
同じだけ研究開発を続けていれば、来年度も 8.5% はもらえますよね。
先生
令和9年4月1日以後に開始する年度は、カーブの形が変わるんだ。増減なしでは 6.5% で、+3%増やして初めて 8.5%、+15%で 11.5% になるよ。マイナス側は▲10%で 0% まで下がるんだ。
ハルカ
同じ額を使い続けたのに率が下がるなんて…。毎日ちゃんと出社しているのに、褒めてもらえない気分です。
先生
褒めてほしければ、前3年平均より3%増やす。そういう設計の改正なんだ。
💡 そうだったのか!
カーブは事業年度の開始日で選びます。令和9年度以降は「+3%で8.5%」になり、増やさないと率が上がりません。
⏱ 30秒だけラボで試す
  1. シミュレーションを開く(事例Aが入っています)
  2. 「事業年度の開始日」を R9.4.1〜R10.3.31 に変える

👀 同じ+17.6%でも控除率は 13.6% → 12.4%、限度額は 13,600 → 12,400 に下がります。事例Aは上限の 9,000 で止まるので、控除額は変わりません。

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📗 基礎 ⑦ ラボの図
20%25%30%35%-12%-9%-4%-1%+4%+7%+12%+15%増減試験研究費割合控除上限(法人税額に対する割合)令和8年度:−4%/+4%を境に20〜30%令和9年度以降:−1%/+7%を境に20〜30%中小:25%、+12%超で35%試験研究費割合>10%なら 25%+(割合−10%)×2(最大35%)が別に使える
基礎 ⑦

控除上限 ── 25%を軸に20〜35%、別枠10%

📍 ラボの場所:基礎タブ ⑦
ハルカ
事例Aの上限が 25% ではなく 30% なのは、なぜですか。
先生
上限は法人税額の25%が軸で、増減割合が大きいと上乗せされるんだ。令和8年度は+4%を超えた部分 × 0.625 で、最大+5%。事例Aは 13.65% × 0.625 = 8.5% だけれど、上限の+5%で止まって 30% だよ。試験研究費割合が10%を超えるなら、別の上乗せと比べて高い方を使うんだ。
迷いポイント ベンチャー企業特例なら、上限は40%で止まる?
ハルカ
ベンチャー企業は上限40%、と聞きました。40%が天井ですよね。
先生
40%になるのは上限計算の基準割合なんだ。増減割合による上乗せは、その上に加わるよ。だから最終的な上限は40%とは限らないんだ。
ハルカ
上限さん、年度ごと、会社ごとに違う服を着て出てくるんですね。
先生
中身はいつも「法人税額 × 割合」だよ。服の数より、割合の決め方を見ればいいんだ。
💡 そうだったのか!
上限は法人税額の25%が軸で、増減割合・試験研究費割合で20〜35%に動きます。ベンチャー特例は基準割合が40%になります。
⏱ 30秒だけラボで試す
  1. シミュレーションを開く(事例Aが入っています)
  2. 「ベンチャー企業特例」を該当するに変える

👀 上限割合は 30% → 45%(基準40%+増減の上乗せ5%)、控除上限は 13,500 になり、控除額は 9,000 → 13,500 に増えます。

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📗 基礎 ⑧ ラボの図
別表六(七)大企業の不適用措置の判定別表六(十一)比較試験研究費・平均売上金額別表六(九)一般試験研究費控除可能額 9,000別表六(十二)特別試験研究費(OI型・別枠)控除可能額 3,000別表六(六)各特別控除の集約・90%上限法人税額の特別控除額 12,000別表一「法人税額の特別控除額」↓ 適用「可」なら
基礎 ⑧

申告書の流れ ── 別表六(十一)から別表一まで

📍 ラボの場所:基礎タブ ⑧
ハルカ
計算は分かってきました。申告書では、どの別表から書けばいいんですか。
先生
図の流れのとおりなんだ。大企業はまず別表六(七)で不適用措置に当たらないかを確かめる。次に別表六(十一)で比較試験研究費 85,000 と平均売上金額を出して、別表六(九)で控除率・限度額・上限を計算する。中小なら六(十)、OI型は六(十二)だよ。
迷いポイント 別表六(九)の控除額は、そのまま別表一へ?
ハルカ
六(九)の 9,000 を、そのまま別表一に書けば終わりですよね。
先生
間に別表六(六)が入るんだ。各制度の控除可能額をここに集めて、合計が調整前法人税額の90%以内かを確かめてから、法人税額の特別控除額を別表一へ転記するよ。租税特別措置だから、適用額明細書にも書くんだ。
💡 そうだったのか!
流れは六(七)→六(十一)→六(九)/六(十)/六(十二)→六(六)→別表一。適用額明細書も忘れずに。

今日の内容を、ラボで確かめてみませんか?

この記事の図は、すべて試験研究費ラボの画面そのものです。制度の推移タブと基礎タブを開けば、同じ図を見ながら読み返せます。

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今日のまとめ ── 迷いポイント早見表

迷いポイント答えラボ
毎年変わるなら全部覚え直し?動くのは一般型の控除率カーブ。上限25%・中小12〜17%・OI型30/25/20%は不変H0
所得から引く制度?法人税額から直接引く税額控除①
試験研究費を増やせば控除は必ず増える?限度額と上限の小さい方。事例Aは上限 9,000 で頭打ち②
研究開発費の残高=試験研究費の額?税法の5費目・要件で再集計する③
新製品でなければ試験研究ではない?既存製品の改良も入る。量産試作・品質管理・デザインは除く④
比べる相手は前期?前3年平均(事例A 85,000、+17.6%)⑤
令和9年度以降も増減なしで8.5%?6.5%。+3%で8.5%、+15%で11.5%⑥
ベンチャー特例の上限は40%で止まる?40%は基準割合。上乗せが加わる(事例Aなら45%)⑦
六(九)の控除額をそのまま別表一へ?六(六)で集約し90%以内を確認してから⑧
おわりに

今日のふりかえり

先生
今日のまとめだよ。研究開発税制は法人税額から直接引く制度で、控除できるのは限度額と上限の小さい方。控除率は前3年平均との増減で決まり、令和9年度以降は増やさないと率が上がらない形になる。上限は法人税額の25%が軸なんだ。
ハルカ
最初は「研究開発費の1割が戻る」と思っていました。今は、まず上限と比べて、それから前3年と比べる順番だと説明できます。
先生
その順番で考えられれば、事例Aの 9,000 も自分で出せるね。
ハルカ
はい。…ただ、明日から会社の研究開発費の勘定を見るたびに「この数字、税務でも同じ顔をしているのかな」と疑ってしまいそうです。
先生
その疑い方は、応用編でいちばん役に立つよ。次の応用編では、専ら従事の人件費や国外委託、中小の繰越を見ていこうか。

参考資料

租税特別措置法42条の4・42条の4の2、同施行令27条の4、同施行規則20条、租税特別措置法関係通達(法人税編)42の4(1)-1〜(2)-3・(1)-7/国税庁 別表六(六)・六(七)・六(九)・六(十)・六(十一)・六(十二)の様式と記載の仕方(令和8年4月1日以後終了事業年度分)、適用額明細書の記載の手引(令和8年)/経済産業省「研究開発税制を強化しました」(令和8年5月)、「研究開発税制の概要」/企業会計審議会「研究開発費等に係る会計基準」、移管指針第8号・第11号。ラボの数値はすべて独自の学習用です(千円単位・千円未満切捨て、12か月の事業年度、単体申告)。法令・様式の確認日:2026年10月3日。
このシリーズの記事:応用編/該当判定編/設例・一般型と中小編/設例・改正とOI型編/設例・繰越と特殊ケース編
サイト内の関連:【2026年版】研究開発税制の計算方法|控除率・上限とシミュレーター/No.5441 研究開発税制について(概要)/法人税申告書(別表)から探す

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この記事を書いた人

TaxJudge編集部|公認会計士・税理士(実務25年)による企画・監修。会計基準・税法・裁決・有価証券報告書などの一次情報をもとに、検索できるデータベースと計算・判定・文書作成ツールを制作しています。